潔凈廠房在使用上有溫度的要求，其內部除了配置控溫設備外，在廠房的設計建造上考慮了一定的保溫措施。但出于利益考慮，現在廠房墻體部分往往采用現成的 間隔有保溫用的泡沫或多孔塑料的，而很少用砌塊磚加保溫材料。這一方面增加了廠房的火災荷載，使得墻體的耐火極限大大降低，另一方面也將燃燒時釋放 濃煙和有毒氣體的高分子材料引入封閉的潔凈廠房，給人員疏散帶來極大的威脅。
自動滅火系統中的開式系統，平時敞開的管道不能滿足潔凈廠房無塵無菌的要求；閉式系統管道中又經常充滿滅火介質，免不了偶有泄漏，污染空氣，所以自動滅火系統不宜用于潔凈廠房。
潔凈車間的消防安全要求如下：
（1）潔凈廠房應進行專門設計，其主體建筑應為一、二級耐火等級；吊頂、分隔墻等構配件及保溫、隔熱、裝飾材料，應盡量采用不燃材料或經過防火處理的材料。
（2）其他建筑改建為潔凈聲一房的，也應進行專門設計，并經公安消防部門審核。一般不得破壞原來的防火分隔，新用的保溫、隔熱、分隔等材料及裝飾材料盡量不要采用可燃材料，如要使用的，應經過防火處理。
（3）為防止起火和燃燒，便利疏散與搶救，對防火墻間最大允許占地面積和防火分隔以及疏散路線等，一般應比其他建筑有更高的要求。出入口或拐彎處應有緊急照明燈。
（4）潔凈車間內不得使用明火加熱，采用電加熱的必須密閉，并嚴格控制加熱溫度。各種加熱裝置均應安裝在不燃基座上。
（5）有易燃、易爆物品的潔凈廠房、電氣要符合防爆要求；電氣敷設和安裝要從嚴要求，暗敷的電線當中不得有接頭。對電氣設備要經常維修，用后及時切斷電源。對需要長開的電氣設備，下班后應有專人巡邏檢查。
（6）潔凈車間內易燃、易爆物品只限于當班用量，下班后對剩余的易燃、易爆物品應存放人其他安全場所。
（7）使用易燃液體和氣體的潔凈廠房，應安裝排風設備，操作臺應有獨立的排風裝置。易燃液體蒸氣和氣體的尾氣管應與排風系統分開。
（8）潔凈車間的排風系統。應設置調節閥、止回閥或密閉閥。總風管穿過樓板和風管穿過防火墻處，必須設置防火閥。
（9）潔凈車間應有比較完善的消防設施。潔凈室和技術管道層均應設置火災報警裝置和自動滅火設施。根據工藝生產的特點和要求、可燃物質的種類及其數量、建筑的耐火等級等因素來配備必需的滅火器材。有貴重、高精密儀器儀表和電氣設備的潔凈室，應置備二氧化碳、鹵代烷或噴水滅火裝置。走廊上還應設有緊急報警的按鈕和電話等。
