進入菇房的空氣溫度和濕度，會對菇房的溫度和濕度產生很大的影響，室內外的差距越大，通風就更容易造成房間的環境不穩定。
在南方，夏季室外空氣相對濕度較大，通風會導致菇房濕度上升，加上大多數食用菌生長溫度都低于外界溫度很多，高溫、高濕的室外空氣進入菇房會產生冷凝現象，墻壁、庫板表面出現的冷凝水會滋生細菌和霉菌。
如果這種情況出現在接種室、培養室等前段環節，就容易導致污染率上升。如果出現在出菇房，會導致蘑菇干度下降，影響貨架期，甚至嚴重的病害。
南方食用菌無菌廠房在夏季，凈化車間應該減少外循環新風的風量，或者全部處于內循環狀態，最大限度的避免室外高溫、高濕空氣的進入。培養房和出菇房在設計方案時就應該考慮到新風降溫、降濕的問題，如果采用集中送風比較容易解決，在新風機加裝表冷器，表冷器通入低溫的載冷劑。
在北方，夏季高溫對通風的影響只在夏季溫度最高的一段時間出現，而且影響遠沒有南方大。
在北方，通風對食用菌生產的影響是在冬季，室外空氣的特征是低溫和干燥，低溫和干燥的空氣對冷卻室、接種室沒有明顯的影響。對培養室和出菇房影響很大，主要表現在兩點，一是低溫的空氣進入會造成培養室部分區域因新風而降低溫度，進而導致發菌和出菇的不一致性。二是低濕干燥的空氣會瞬間將菇房相對濕度將至不可接受的程度。
對于新風溫度低，最好的解決辦法是進行新風預熱，同樣，集中送風比較容易解決，在新風機內部加裝預熱裝置，如果條件允許，新風溫度進行自動控制。
在北方，冬季新風溫度低可以通過預熱的方式解決，但是新風濕度小就沒有辦法通過預濕的方法解決了，主要是濕度大小不容易控制，通風管道加濕后容易滋生細菌等無法解決。
因此，北方食用菌生產在冬季應該特別注意新風濕度小對環境產生的影響，提前檢修加濕設備，配備足夠的加濕量，有條件必須采用超聲波加濕器。
在換風前，菇房的濕度要為換風留出適當的余量，抵抗新風干燥對菇房環境的沖擊，采用少通風、勤通風的原則。
冬季北方菇房的排風口容易出現冷風倒灌的現象，會導致菇房內部排風口附近溫度長時間偏低，一般會在排風口安裝止回裝置，但是作用不大，只是減少影響。
